กระทรวงที่ดินฯ มีการแบ่งส่วนราชการดังนี้[3]

• สำนักงานเลขาธิการรัฐมนตรี (大臣官房)
• กรมนโยบายทั่วไป (総合政策局)
• กรมนโยบายแห่งชาติและส่วนภูมิภาค (国土政策局)
• กรมเศรษฐกิจอสังหาริมทรัพย์และการก่อสร้าง (不動産・建設経済局)
• กรมการบริหารจังหวัดและนคร (都市局)
• กรมบริหารจัดการน้ำและความปลอดภัยชาติ (水管理・国土保全局)
• กรมทางหลวง (道路局)
• กรมการเคหะ (道路局)
• กรมรถไฟ (鉄道局)
• กรมการขนส่งทางถนน (自動車交通局)
• กรมกิจการทางทะเล (海事局)
• กรมเจ้าท่า (港湾局)
• กรมการบินพลเรือน (航空局)
• กรมฮกไกโด (北海道局)
• อธิบดีการวางนโยบาย (政策統括官)
• อธิบดีกิจการระหว่างประเทศ (国際統括官)

หน่วยงานภายนอก

• คณะกรรมาการการขนส่งญี่ปุ่น
• สำนักงานการท่องเที่ยวญี่ปุ่น
• สำนักงานอุตุนิยมวิทยาญี่ปุ่น
• หน่วยยามฝั่งญี่ปุ่น
• สถาบันแห่งชาติเพื่อการฝึกทางทะเล